Istorikas. Gimė 1856 m. sausio 10 d. Treuburge (Margrabova, Mozūrija) suvokietėjusioje lenkų kilmės šeimoje. Būsimo istoriko vaikystė prabėgo šiame Rytprūsių užkampyje. Namuose vaikus lavino tėvas mokytojas, išmokė juos prancūzų, lotynų kalbų, skatino domėjimąsi knygomis. J. Zembrickis mokėsi Magrabovos, Lycko mokyklose, vėliau įsigijo vaistininko profesiją.
Pirmą kartą į Klaipėdą J. Zembrickis atvyko 1880 m., dirbo vaistinėse „Auksinis erelis“ ir „Po juoduoju ereliu“. 1882-1887 m. istorikas gyveno Tilžėje, kur laisvalaikiu ėmėsi literatūrinės veiklos, pramoko lietuvių kalbos, lankėsi lietuvių draugijos „Birutė“ renginiuose. Vėliau gyveno Marienburge, Karaliaučiuje, vėl buvo trumpam grįžęs į Klaipėdą, dar gyveno Tilžėje, Lenkijoje.
Galutinai J. Zembrickio šeima Klaipėdoje apsigyveno 1893 m. vasarą. Ten J. Zembrickis iki 1918 m. dirbo vaistininku. Klaipėdoje atsiskleidė jo kaip istoriko talentas, daug savo jėgų ir laiko jis atidavė istorinei Klaipėdos ir Klaipėdos krašto praeičiai tyrinėti.
J. Zembrickis medžiagos ieškojo bažnyčių knygose, taip pat Karaliaučiaus archyvuose, Karališkojoje universiteto bibliotekoje. Surinktą archyvinę medžiagą jis išdėstė savo darbuose vokiečių kalba: „Klaipėdos – karališkojo Prūsų jūrų ir prekybos miesto istorija“ (1900), „Klaipėda XIX a.“ (1902), „Klaipėdos apskrities istorija“ (1918) ir kt. Be šių veikalų J. Zembrickis paskelbė daug straipsnių, recenzijų, šaltinių miesto ir krašto spaudoje.
Laisvalaikiu sutvarkė Klaipėdos miesto archyvą, kuriame jo įvesta sistema išliko iki 1944 m. J. Zembrickis turėjo turtingą biblioteką, po vyro mirties jo žmona knygų rinkinį perdavė miestui ir jis tapo 1920 m. įsteigtos miesto bibliotekos lituanistinio skyriaus branduoliu. Po 1944 m. rinkinio knygų likimas neaiškus: dalis tapo privačia nuosavybe, dalis saugoma valstybės archyvuose. J. Zembrickio, kaip žymiausio Klaipėdos istoriko, darbai ir šiandien turi didžiulę reikšmę, tyrinėjant miesto ir krašto praeitį.
Išleisti J. Zembrickio knygos „Klaipėdos karališkojo Prūsijos jūrų ir prekybos miesto istorijos“ du tomai lietuvių k. (T. 1, 2002 ; T. 2, 2004). 2011 pasirodė jo knyga „Klaipėdos apskrities istorija“. J. Zembrickio vardu Klaipėdoje pavadinta gatvelė tarp H. Manto ir Šaulių gatvių.
Mirė 1919 m. kovo 8 d. Klaipėdoje.