Gydytojas. Gimė 1887 m. gruodžio 14 d. Šunskuose (Marijampolės aps.). 1908 m. baigė Marijampolės gimnaziją. Besimokydamas 1901 m. dalyvavo slaptame vaidinime „Amerika pirtyje“. Mediciną studijavo Varšuvoje, ten buvo lietuvių studentų draugijos valdybos narys. 1913 baigęs universitetą dirbo Doparte (dab. Tartu) ir Kaune. I pasaulinio karo metais tarnavo carinėje armijoje. Grįžęs į Lietuvą gydytojavo, dirbo Vytauto Didžiojo universitete. 1933 m. J. Ciplijauskas buvo pakviestas vadovauti naujai atidaromai Klaipėdos Raudonojo Kryžiaus ligoninei. Jis tapo pirmuoju šios įstaigos direktoriumi, vadovavo moterų ligų skyriui. Jam vadovaujant Raudonojo Kryžiaus ligoninė plėtėsi, buvo aprūpinta medicinos įranga. Klaipėdoje dirbdamas, jis buvo Lietuvių gydytojų medicinos draugijos pirmininkas ir Lietuvos Raudonojo Kryžiaus Klaipėdos skyriaus pirmininkas. 1934 m. dr. J. Ciplijauskas sumanė įsteigti gailestingųjų seserų kursus, trunkančius dvejus metus. Kursai laikytini Klaipėdos medicinos mokyklos, dabar Klaipėdos kolegijos Sveikatos fakulteto, pradžia. Kursai, kaip ir pati ligoninė, veikė iki 1939 m. nacių okupacijos.
Daktaro dukra prof. B. Ciplijauskaitė, gyvenanti Čikagoje, įsteigė J. Ciplijausko vardo premiją, kuri nuo 2000 teikiama savo darbu nusipelniusiai Klaipėdos krašto slaugytojai ar Klaipėdos kolegijos Sveikatos fakulteto studentei, pasižymėjusiai moksle.
Mirė 1943 m. birželio 29 d. Kaune.